Жозе Моуринью родился 26 января 1963 года в Сетубале (Португалия). С детства занимался футболом в клубах "Белененсеш" и "Рио Аве", но футболистом высокого уровня не стал и сосредоточился на тренерской деятельности. Работал в клубах "Эштрела Амадора" и "Витория Сетубал", однако ни разу не был там главным тренером.
В 1993 г. перешёл в клуб "Спортинг", где стал, благодаря своему знанию английского языка, переводчиком главного тренера команды, знаменитого британца Бобби Робсона.
Затем в 1997 г. вслед за Б. Робсоном Ж. Моуринью последовал в "Барселону". Вскоре англичанин оставил этот испанский клуб, а переводчик остался помогать новому тренеру – Луи ван Галу.
В 2000 г. Ж. Моуринью возглавил португальскую "Бенфику", но покинул ее после 9 проведенных матчей из-за разногласий с руководством.
В 2001 г. Моуринью стал тренером "Лейрии" и довел эту португальскую команду до 5-го места - самого высокого в ее истории.
В 2002 г. назначен наставником "Порту", с которым выиграл два чемпионата Португалии и по одному разу Кубок и Суперкубок Португалии. Самый громкий успех Ж. Моуринью пришелся на еврокубки – в сезоне-2002/03 его команда выиграла Кубок УЕФА, а спустя сезон сенсационно завоевала самый главный клубный трофей, победив в Лиге чемпионов.
После этого Ж. Моуринью был приглашен владельцем лондонского "Челси" Романом Абрамовичем на пост главного тренера этой команды. Португалец в первом же сезоне работы с английской командой принес клубу первый чемпионский титул за 50 последних лет, а также выиграл Кубок английской Лиги. Всего "Челси" под руководством Ж. Моуринью дважды побеждал в чемпионате, дважды выигрывал Кубок английской Лиги и однажды завоевал Кубок Англии. Из лондонского клуба ушел из-за отсутствия трофеев на европейском уровне.
В 2008 г. подписал контракт с итальянским "Интером", с которым в сезоне 2009/2010 выиграл Лигу чемпионов, чемпионат Италии и кубок Италии.
В 2010-2013 гг. являлся тренером мадридского "Реала". За этот период выиграл вместе с командой чемпионат, Кубок и Суперкубок Испании.
С 2013 г. вновь возглавил лондонский "Челси".