Николай Иванович Меркушкин родился 5 февраля 1951 года в селе Новые Верхиссы (Мордовская АССР).
Трудовую деятельность начал в 1968 г. механизатором в колхозе.
В 1973 г. окончил с отличием Мордовский государственный университет, после чего был избран секретарем комитета ВЛКСМ этого вуза.
В 1977 г. стал секретарем, через два года - вторым секретарем, а в 1982 г. - первым секретарем Мордовского обкома ВЛКСМ.
В 1986 г. избран первым секретарем Теньгушевского райкома КПСС, через 4 года стал председателем районного Совета народных депутатов.
В 1990 г. избран вторым секретарем Мордовского республиканского комитета компартии РСФСР. В том же году неудачно баллотировался на пост председателя Верховного Совета Мордовской АССР.
С 1991 г. является председателем Фонда государственного имущества Мордовской АССР.
В 1993 г. становится сопредседателем Мордовского республиканского экономического союза, а затем сопредседателем Московского экономического союза.
В 1994 г. избран депутатом Государственного собрания Республики Мордовия, в следующем году возглавил этот орган.
В 1995 г. избран главой региона, в 1996 г. вошел в состав Совета Федерации.
В 1998 г. вновь стал главой республики, одержав победу на выборах. В том же году возглавил межрегиональную ассоциацию "Большая Волга".
В 2003 г. в третий раз победил на выборах на пост главы региона. По спискам "Единой России" прошёл в Государственную думу, но отказался от мандата.
В 2005 г. депутаты Государственного собрания Республики Мордовия большинством голосов вновь утвердили кандидатуру Н. Меркушкина на пост главы республики.
В 2010 г. в пятый раз утверждён на посту главы региона.
С мая 2012 г. является губернатором Самарской области. В мае 2014 г. ушел в отставку с занимаемого поста для участия в досрочных выборах главы региона. По итогам голосования уверенно занял первое место, набрав более 91% голосов.
Среди наград Н. Меркушкина - ордена Трудового Красного Знамени, Дружбы народов, "За заслуги перед Отечеством" III и IV степеней.
Член высшего совета партии "Единая Россия".
Академик Российской академии информатизации.
Женат, есть два сына.