Алексей Васильевич Баганец родился 5 января 1954 года в селе Горошино (Полтавская область).
В 1979 г. закончил Харьковский юридический институт.
С 1979 г. по 1983 г. работал в прокуратуре Херсонской области вначале следователем, затем старшим следователем.
В 1983-1991 гг. - следователь, старший следователь по особо важным делам прокуратуры.
С 1991 г. по 1996 г. - прокурор прокуратуры Советского района г. Киева.
В 1996-1997 гг. - прокурор прокуратуры Львовской области, затем до 1998 г. - прокурор прокуратуры Днепропетровской области.
С 1998 г. по 1998 г. - заместитель прокурора Западноукраинской транспортной прокуратуры.
В 1998-1999 гг. - заместитель прокурора прокуратуры Львовской области, затем до 2000 г. - прокурор прокуратуры Харьковского р-на г. Киева.
С 2000 г. по 2002 г. - заместитель Генерального прокурора Украины - начальник управления надзора за соответствием и применением законов Генпрокуратуры Украины.
С 2002 г. по 2005 г. - прокурор Волынской области.
С 2005 г. по 2007 г. являлся прокурором Донецкой области. Позже возглавил прокуратуру Львовской области, в отставку подал в 2010 г.
Являлся адвокатом экс-министра внутренних дел Украины Юрия Луценко.
Почетный работник прокуратуры.