Префектура Северного административного округа является подведомственным правительству Москвы территориальным органом исполнительной власти города. Осуществляет контрольную, координирующую и исполнительно-распорядительную деятельность на территории округа.
В частности, префектура САО обладает полномочиями решать ряд вопросов в области землепользования, градостроительства и окружающей среды. Осуществляет государственный контроль за индивидуальными предпринимателями и юридическими лицами. В соответствии с Генеральным планом Москвы составляет прогнозы развития отраслей.
Если говорить о полномочиях префектуры САО Москвы в области экономики, финансов, то здесь она выступает в роли главного распорядителя бюджетных средств и бюджетополучателя, также принимает непосредственное участие в разработке проекта закона о бюджете столицы на очередной финансовый год. Помимо этого, в перечень основных функций префектуры входят разработка и утверждение инвестиционных программ, разнообразных целевых программ, направленных на решение городских проблем.
Префектом Северного административного округа с 26 октября 2010 года является Владимир Николаевич Силкин.